随着分子生物学技术和生物信息学的发展,功能基因组学的研究已成为基因组学中引人注目的新方向和研究热点。利用结构基因组学提供的信息和产物,通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能,使生物学研究从单一基因或蛋白质的研究转向对多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。“智能信息处理技术”为人力资源与社会保障部中国科学院北京分院国家级专业技术人员继续教育基地培训点培训项目,“生物信息”为智能信息处理技术系列培训项目之一。为进一步推动我国生物信息学的发展,提高从业人员的技术水平,北京海淀中科计算技术转移中心(中科院计算所技术转移中心)举办“生物信息学最新技术 暨 解码基因组功能原理与方法”高级培训班,并由北京嘉诚永恒科技有限公司具体承办,具体事宜通知如下:
一 、DNA测序技术-原理及技术
a)第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理
b)第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理
c)第四代测序技术:Oxford NanoPore原理
d)Hybridization based methods
e)测序技术的比较及展望
二、基因组编辑技术(CRIPR技术)
a)不同基因组编辑技术的比较Meganuclease,ZFN,TALEN,
b)CRISPR-Cas9
c)CRISPR-Cas系统的作用机理
d)CRISPR-Cas系统在基因组编辑中的应用
e)CRISPR-Cas系统的其他应用
三、生物信息学基本实验技能
a)Linux常用命令
b)EMBOSS,经典序列分析工具集
c)Perl编程基础
四、小RNA(microRNA)研究方法及案例
a)实验流程
b)数据处理比对
c)靶基因富集分析
d )miRNA-mRNA关联分析
e)主要工具包的使用:miRDeep,mirDeep*
五、长非编码RNA(lncRNA)研究方法及案例
a)实验流程
b)lncRNA的发现和分类
c) 功能分类
d)主要工具包的使用:lncRScan,LncRNAFunction等
六、表观遗传学研究方法及案例
a )DNA methylation, MeDIP-seq
b )Histone modifications, ChIP-seq, ChIP-exo
c )Nucleosoem positioning and occupancy, MNase-seq
d )Chromatin accessibility, DNase-seq
e )3D chromatin structure, 3C, 4C, 5C, Hi-C
七、基于DNA/RNA测序技术的功能基因组学研究策略分析
a )ARNA Transcription: ChIRP-Seq, GRO-Seq, Ribo-Seq, CLIP-Seq
b )RNA structure: SHAPE-Seq, PARS-Seq, FRAG-Seq, CAP-seq
c )Low-level RNA detection: Quartz-Seq, DP-Seq, Smart-Seq, d
d )Smart-Seq2
e )Low-level DNA detection: smMIP, MDA, MALBAC, OS-Seq
八、R语言基础
a )R和R studio的安装
b )从bioconductor下载安装packages
c )R绘图基础,correlation matrix ,dot plot
06月02日
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