（一）学科发展生态文明建设与可持续发展
包括：景观生态学、生态水文学、旅游生态学学科建设与可持续发展；生态文明建设的理论与实践；中国西部地区的少数民族问题以及长期生态学研究的科学问题与关键技术等。
（二）生态系统功能与服务
包括：生态系统服务评估与管理，城市可持续发展与生态系统服务，湿地、湖泊生态系统演变及功能评估，脆弱生态系统恢复与治理生态工程。
（三）生物多样性与可持续发展
包括：生态农业的区域特色与生物多样性利用，流域生态学与长江经济带生态环境保护，人为干预环境中的野生动植物现状和保护，红树林生态与可持续保护，污染生态过程及能源开发与生态修复，生态系统的弹性与生态恢复。
（四）应对气候变化
包括：气候变化风险与适应，全球变化与生物入侵，海洋和森林生态系统对全球气候变化的响应，植物水力学特征和水分关系对全球变化的适应和响应。
（五）传统生态学和微观生态学
包括：植物适应环境的生理生态学与分子生态学，寒旱环境植物群落结构与功能，种子生态学，生物克隆性的生态与进化意义。
（六）探索与创新
包括：植被对大气颗粒物的调控研究，动物行为、生理与生态研究，稳定同位素生态学，生态遥感与应用，生态系统碳、氮、水通量的联网观测与集成研究。