1002 / 2023-10-27 23:31:40

精神疾病新发突变多组学可视化分析

PsyMuKB（https://psymukb.com）是一个多维度的精神疾病新发变异知识库，它采用了先进的可视化展示方式，本作品即为其数据可视化分析这一部分。本项目在线可视化分析可分为三个模块：

       本项目侧重编码区突变的功能影响。使用突变功能预测工具对其进行注释打分，根据一定规则定义变异的高、中、低三个影响级别并可视化为三种颜色。使用集成在线工具 MuPIT 将突变映射到蛋白质结构上以助于解释其潜在的生物学影响从而得到与疾病的关联。


       本项目定义和描述的转录本和mRNA亚型概念相同。当选择一个新发突变在转录本水平进行分析时，其在线可视化程序会显示出突变所在基因的所有转录本结构和这些转录本在人体各个细胞或组织中表达情况。


       本项目使用网络图来可视化蛋白质相互作用网络，对新发突变做组织特异性的功能注释。数据源中蛋白质相互作用记录次数越多可信度越高。可视化网络图中节点颜色表示蛋白质功能分类，蛋白质之间的边越粗可信度越高。



       除上述可视化分析，本项目也对表达数据、转录本结构与调控元件等做了简单实用的可视化操作。本项目在线可视化是基于调用 Plotly、Pyeacharts、Cytoscape.js开发包和自己编写的JavaScript等来实现的。