生物气溶胶作为大气颗粒物的重要组成部分，其群落结构受大气污染物的显著影响，但不同城市背景下生物气溶胶对污染物响应的差异性及其日变化规律尚缺乏系统认识。本研究于复合污染特大城市北京、一般污染城市呼和浩特及高山草原背景区春坤山开展了为期一周的多点同步联合观测，系统探究了不同大气污染环境下生物气溶胶（细菌与真菌）群落的日变化特征。结果表明，三地生物气溶胶群落结构均呈现出明显的日变化趋势，且变化规律因城市背景和污染水平的不同而存在显著差异。同时，不同城市背景下的细菌与真菌群落的日变化规律也有所不同。在臭氧污染对微生物群落影响方面，污染城市呼和浩特与北京在低臭氧水平下，细菌群落的Bray-Curtis相异度显著高于高臭氧水平条件，表明高浓度臭氧对城市背景下细菌群落具有同质化效应，使其组成趋于相似。而在复合污染特征更为突出的北京，高臭氧水平下真菌群落相异度反高于低臭氧组，揭示了细菌与真菌对臭氧污染响应机制的差异性。本研究通过跨区域联合观测设计，为理解城市化与大气污染对空气微生物生态的协同影响提供了新的数据支撑与科学依据，对城市大气环境健康风险评估具有重要参考价值。