本发明公开了一种研究区域季节降雨预测方法及系统，其涉及降雨预测技术领域。包括：将研究区域的历史ERA5数据的月平均再分析数据作为历史预报因子集合；将研究区域按照经线和纬线进行划分，根据各径向格点和各纬向格点在历史时刻的降雨量总和确定季节降雨指数，并将季节降雨指数分解为多个物理分量；确定多个物理分量分别与历史预报因子集合之间的因果关系，确定各历史预报因子影响各物理分量的关键影响区域；根据关键影响区域构建历史降雨预报样本集，对小波神经网络进行训练，得到区域季节降雨预报模型；将实时预报因子数据输入区域季节降雨预报模型，得到研究区域的季节降雨预测强度。本方法能够有效提高季节降雨的预测准确性。