牦牛放牧是青藏高原地区最主要的土地利用方式之一，粪斑覆盖是放牧影响草地生态系统的重要途径，而青藏高原地区又历来有捡拾牦牛粪的传统。解析土壤微生物及其相关生态功能对牦牛粪斑覆盖的响应是明确放牧和牛粪捡拾生态效应的重要方式，然而相关研究仍十分匮乏。本研究区域位于西藏地区，在综合考虑空间均匀性、道路可达性和生态系统典型性的基础上，在西藏地区选择了10个采样地点。基于配对的方式完成粪斑覆盖土壤与对照土壤的采集。通过实验测定了土壤理化性质以及养分含量。通过实时荧光定量PCR、扩增子NovaSeq测序和宏基因组测序分别分析了土壤微生物多度、多样性及其功能特征。通过分析，本研究主要得到结果如下：粪斑覆盖显著改变了了土壤理化性质。进一步研究发现，原核生物与真菌的丰富度对粪斑覆盖没有产生显著影响。针对微生物群落beta多样性的分析发现，粪斑覆盖导致了微生物群落结构发生显著改变。通过对微生物群落与环境因子的相关性分析发现，土壤原核生物和真菌群落结构均与土壤水分、总磷、全钾和有效磷等多种环境因素存在显著相关性。基于FAPROTAX和FUNGGuild的微生物功能预测显示，牛粪沉积显著增加了产甲烷菌、反硝化菌和化能异养菌的相对多度，但降低了土壤病原真菌的比例。此外，通过网络分析发现粪斑覆盖土壤中微生物网络复杂性降低。总之，牦牛粪斑覆盖对土壤微生物群落多方面造成显著影响，研究青藏高原地区牦牛粪斑覆盖对土壤微生物群落组成及功能的影响能够弥补相关研究空缺、提升对生态系统响应的认识以及为生态系统管理策略的制定提供重要科学参考。

宏基因组,青藏高原,毛牛粪覆盖