湿地拥有巨大的生物多样性并为社会提供重要的生态系统服务，是重要的陆地生态系统之一。当自然或人为因素导致湿地退化时，通常会进行生态修复以恢复生物多样性和生态系统服务。真核生物被广泛认为在调节生态结构和生态系统功能方面发挥着至关重要的作用。然而，对真核生物在湿地开垦和恢复过程中的生物多样性和潜在驱动机制的了解还不是很清楚。在本研究中，我们利用高通量测序技术研究了三江平原湿地（农田、恢复湿地和自然湿地）开垦和恢复过程中的土壤微生物的组成、相互作用关系、及群落组装过程和土壤环境因素对真核生物的alpha、beta多样性的影响。研究结果表明湿地的垦殖与恢复过程对真核生物的alpha多样性没有显著差异，但beta多样性在湿地开垦和恢复过程中存在显著差异。自然湿地的真核生物beta多样性最高，恢复湿地的beta多样性更接近自然湿地，开垦的农田的真核生物beta多样性最低。对于湿地恢复与开垦过程中真核生物的多样性格局的驱动机制，生物因素比非生物因素发挥了更重要的作用。真核生物Alpha和beta多样性均由微生物相互作用的关系以及土壤物理化学性质（总有机碳、pH值和溶解有机碳）的变化所决定。另外，beta多样性形成过程，群落组成，和群落组装过程等因素也影响了湿地垦殖与恢复过程的真核生物多样性的格局。因此我们认为，与农田相比，恢复湿地减少了真核生物的生物同质化（即增加了beta多样性）过程。尽管三江平原对开垦湿地已经恢复近十年，但是恢复湿地真核生物在组成和相互作用方面仍有别于自然湿地。我们建议在评估湿地恢复的总体效果时应考虑真核生物的beta多样性。